Il Consiglio della FCEI si compone di 5 o 7 membri (compreso il Presidente), è eletto dall'Assemblea generale e dura in carica fino all'Assemblea ordinaria successiva. Si riunisce con periodicità ravvicinata (almeno 8 volte all'anno) ed esegue le deliberazioni dell'Assemblea e del Comitato generale.
Membri del Consiglio in carica, eletti dalla XV Assemblea (2009)
Massimo Aquilante, presidente (metodista)
Letizia Tomassone, vicepresidente (valdese)
Riccardo Bachrach, tesoriere (luterano)
Adriano Bertolino (valddese)
Lidia Bruno (Esercito della Salvezza)
Gabriela Lio (battista)
Andrea Ribet (valdese)
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