Gli organi della FCEI sono l'Assemblea generale, che si riunisce ogni tre anni; il Consiglio, che ha funzioni esecutive ed è formato da 7 membri; il Comitato generale, che ha funzioni di controllo fra un'Assemblea e l'altra; il Presidente, eletto per un massimo di due trienni e assistito da un Segretario esecutivo.