Oltre ai membri effettivi che ne accettano pienamente lo Statuto, la FCEI riconosce la condizione di aderenti alle chiese, unioni di chiese ed opere che accettano il fondamento di fede espresso nel preambolo dello Statuto e collaborano per il raggiungimento di alcuni obiettivi specifici, e la condizione di osservatori a quelle che manifestano interesse per la sua attività.

La XIII Assemblea nel 2003 ha accolto come membro aderente l'Associazione Comunità Cristiane con sede a Rho (Milano).

La XIV Assemblea nel 2006 ha accolto come osservatori l’Unione italiana delle chiese cristiane avventiste del settimo giorno (UICCA) e la Federazione delle chiese pentecostali (FCP).

La FCEI mantiene inoltre rapporti di fraterna collaborazione con la Federazione delle donne evangeliche in Italia (FDEI) e la Federazione giovanile evangelica italiana (FGEI), le quali hanno diritto di nominare i propri delegati con voce consultiva all'Assemblea.