I contatti ecumenici sono curati dall'ufficio di
presidenza della FCEI.
Sul piano nazionale la FCEI collabora a vari livelli con
le chiese evangeliche non federate e con le altre chiese cristiane.
Quasi tutte le denominazioni evangeliche italiane fanno parte della Commissione delle chiese evangeliche per i
rapporti con lo Stato (CCERS), promossa dalla FCEI nel 1985 e
presieduta per Statuto dal presidente della FCEI. Particolarmente
intense sono le collaborazioni con il Segretariato ecumenismo e dialogo
della Conferenza
episcopale italiana e con la Sacra Arcidiocesi ortodossa in Italia. La FCEI,
infine, sostiene la cooperativa Com Nuovi Tempi, che pubblica il
mensile di dialogo ecumenico ed interreligioso Confronti.