All'origine della Federazione delle chiese evangeliche in Italia (FCEI) vi è la spinta unitaria di larghi settori del protestantesimo italiano, che ebbe la sua prima espressione alla fine dell'Ottocento. Nel 1920 il primo Congresso evangelico italiano rilanciò la proposta federativa ottocentesca, ma l'avvento del fascismo e altri fattori ne impedirono la realizzazione.

Solo nel 1965 il secondo Congresso evangelico, svoltosi a Roma dal 26 al 30 maggio sul tema "Uniti per l'Evangelo", pose le basi concrete per l'avventura federativa. I documenti preparatori del Congresso sottolineavano nettamente l'esigenza unitaria, e vedevano nella costituenda federazione "una fase transitoria nel cammino dalla divisione all'unità". In un clima positivo e realistico, il Congresso elaborò un documento finale che invitava le chiese "a realizzare nel tempo più breve possibile una Federazione evangelica che costituisca un luogo d'incontro permanente tra di loro", con lo scopo di "provvedere a servizi comuni nella misura in cui sono ricevuti e desiderati".

La FCEI fu costituita ufficialmente a Milano il 5 novembre 1967, avendo come membri effettivi battisti, luterani, metodisti, valdesi e la comunità ecumenica di Ispra-Varese (poi confluita nella Chiesa luterana). In seguito si sono aggiunte nuove chiese membro: l'Esercito della Salvezza, la Comunione di chiese libere, la Chiesa apostolica d'Italia, la chiesa pentecostale "Fiumi di Vita" di Napoli, la Comunità elvetica di Trieste e la St. Andrew's Church of Scotland di Roma.